1. 聯亞生技公司之疫苗研發與興櫃聯亞藥公司之股票價格無涉，兩者各為獨立之法人，非得任意推論母公司之業務足生影響於子公司之興櫃股價，其顯然違反法人獨立性判斷原則。
2. 彭文君固然代表聯亞生技公司參與食藥署召開之緊急授權專家審查會議，然於會議中途即被要求離席，無從知悉最終緊急授權會議結論，聯亞生技公司所申請之疫苗緊急授權是否通過，係由食藥署就各專家於該次緊急授權審查會議中討論後，綜合各方意見依職權判斷決定，彭文君無從事前預測緊急授權審查會議之結論。若僅從審查基準數據即謂彭得以預測，則早於高端疫苗緊急授權會議公告數據後，任何人均得推知據以為基準之AZ疫苗中和抗體幾何平均數值，而聯亞生技公司亦早於專家審查會議前之110年6月27日即已自行公布聯亞疫苗之中和藥效抗體，則該數據既早經公開揭露，任何人均得以知悉用以對比食藥署之審查基準，則該次審查會議所援用之基準亦無任何重大消息之可言。
3. 彭文君雖自聯亞藥公司興櫃後即持有公司股票，然早於緊急授權專家審查會議前，業已陸續逐步出脫股票，絕非肇因於參加會議中得以預測知悉審查會議結論所致。
4. 新竹地院一審審理過程中之醫師專家證人，亦明確指證食藥署審查聯亞疫苗所採之基準，單純僅憑為他家疫苗量身訂做之單一基準有違生技產業疫苗科學常態，該次審查會議所採審查基準所存瑕疵疑慮未獲法庭斟酌，其因而導致食藥署認定結論之偏差，也使該次審查結論無從預測，難謂彭文君有事前知悉會議結論之可能性。
5. 原判決僅憑專家會議之時間點緊接彭文君出售股票之時，據以推論彭文君有事前知悉重大消息而為內線交易之犯嫌，似有違誤，擬上訴高等法院尋求第二審公平審判，以洗刷冤屈。
另名律師專家認為，新竹地院判決彭文君等人有罪確有違誤，以下5點說明：
1. 本案被交易的股票是「聯亞藥業」的股票。
2. 證券交易法處罰的「內線」交易，要件規定是「有重大影響其(發行公司)股票價格之消息」，也就是說，「重大消息」要是「聯亞藥業」的消息，才是證交法處罰的範圍。
3. UB-612疫苗是由「聯亞生技」(母公司)開發與申請EUA，聯亞藥業(子公司)僅是受聯亞生技之委託執行疫苗充填的終端生產工作而已。
4. 聯亞生技的UB-612疫苗未通過EUA審查，不會影響聯亞藥業的財務、業務，此從聯亞藥業的財報、已公開的資訊，都可以印證。
5. 前面談的「重大『消息』」，跟發布在公開資訊觀測站的「重大『訊息』」，是不一樣的概念，各有不同的法律依據跟定義。聯亞藥業依法規要求「代」母公司聯亞生技發布重大訊息，不能直觀認定該「重大『訊息』」就是證券交易法處罰內線交易的「重大消息」。